Imagej Stack Mobile Media

Converte un ipervolume di nuovo in una pila di fette. Produce una singola immagine che contiene le immagini da una pila visualizzato in un formato griglia. Questo può essere utile per confronti visivi di una serie di immagini memorizzate in una pila. Una finestra di dialogo consente di specificare il livello di ingrandimento (Fattore di scala), in cui le immagini vengono copiate, e di selezionare il layout della griglia risultante (Colonne, Righe. First Slice. Ultima fetta. Incremento). Con ImageJ 1.35m o poi, controllare Usa Colore di primo piano per disegnare i confini e le etichette nel colore di primo piano e per riempire le zone vuote con il colore di sfondo. Utilizzare lo strumento macro Montage Shuffler per riordinare le immagini nel montaggio. Ricostruisce una o più sezioni ortogonali attraverso il volume immagine rappresentata dallo stack corrente. Prima di utilizzare questo comando, creare una linea retta o una selezione rettangolare per specificare stati saranno fatte le ricostruzioni. Una finestra di dialogo consente il specificare la Z-spaziatura (spostamento tra le fette) del volume di origine. fette multiple sono ricostruiti e salvati come una pila se si crea una selezione rettangolare o impostare Fetta larghezza maggiore di uno. Immagini sono creati campionando ogni fetta nella pila lungo la linea. Così, il primo pixel in ogni riga della immagine di output è presa dall'inizio della linea e l'ultimo dall'estremità. Nel caso in cui fetta larghezza è maggiore di uno, una pila viene creato spostando la linea in basso a sinistra di generare fette supplementari per la stack di uscita. Questo plugin, e il plugin ZProject. sono state conferite da Patrick Kelly e Harvey Karten della University of California, San Diego. Progetti una serie di immagini lungo l'asse perpendicolare al piano dell'immagine (il cosiddetto asse z). Sono supportati sei diversi tipi di proiezione. Il comando ZProject crea nomi delle immagini in forma XXXstack, dove XXX è AVG, MAX, MIN, SUM, STD e MED e lo stack è il nome dello stack. proiezione media intensità emette un'immagine in cui ogni pixel memorizza l'intensità media di tutte le immagini in stack corrispondente posizione di pixel. sporgenza massima intensità (Max) crea un'immagine di uscita ciascuno di cui pixel contiene il valore massimo su tutte le immagini nella pila al particolare posizione dei pixel. proiezione minima intensità (Min) crea un'immagine di uscita ciascuno di cui pixel contiene il valore minimo su tutte le immagini nella pila al particolare posizione dei pixel. Somma Fette crea un'immagine reale che è la somma delle sezioni della pila. Deviazione standard crea un'immagine reale contenente la deviazione standard delle fette. Mediana crea un'immagine che contiene il valore mediano delle fette. Genera una sequenza di animazione, proiettando attraverso una rotazione set di dati 3D su un piano. Ogni frame nella sequenza di animazione è il risultato di sbalzo da un diverso angolo di visualizzazione. Per visualizzare questo, immaginare un campo di raggi paralleli che attraversano un volume contenente uno o più oggetti solidi e colpisce uno schermo orientato normale alle direzioni dei raggi. Ogni raggio proietta un valore sullo schermo, o piano di proiezione, in base ai valori dei punti lungo il suo percorso. Sono disponibili tre metodi per il calcolo delle proiezioni su questo piano: punto più vicino, più luminoso Point. e il valore medio. La scelta del metodo di proiezione e le impostazioni di vari parametri di visualizzazione determinano come appariranno sia di superficie e le strutture interne. Questa routine è stato scritto da Michael Castle e Janice Keller dell'Università del Michigan Mental Health Research Institute (MHRI). inserire un'immagine finestra di dialogo Seleziona proiezione punto più vicino per produrre un'immagine delle superfici visibili da l'angolo di visualizzazione corrente. Ad ogni punto del piano di proiezione, un raggio passa normale al piano attraverso il volume. Il valore del punto più vicino trasparente non che il raggio incontra è memorizzata l'immagine di proiezione. Brightest proiezione Point esamina punti lungo i raggi, proiettando il punto più luminoso incontrato lungo ogni raggio. Questo mostrerà gli oggetti più luminosi, come le ossa in uno studio TC (tomografia computerizzata). Significa proiezione valore, una modifica della proiezione luminosa-point, riassume i valori di tutti i punti trasparenti lungo ciascun raggio e proietta il loro valore medio. Produce immagini con bordi più morbidi e contrasto inferiore, ma può essere utile quando si tenta di visualizzare oggetti contenuti all'interno di una struttura di luminosità maggiore (ad esempio un teschio). Fetta spaziatura è l'intervallo, in pixel, tra le sezioni che compongono il volume. ImageJ proietta il volume sul piano di visualizzazione ad ogni angolo di rotazione di incremento. cominciando con il volume ruotato di un angolo iniziale e finale una volta che il volume è stato ruotato di Total rotazione. I parametri Bound inferiore e superiore di trasparenza determinano la trasparenza delle strutture nel volume. calcoli proiezione punti trascurano aventi valori inferiori al limite inferiore o superiore alla soglia superiore. L'impostazione di tali soglie permette di fare punti di fondo (quelli che non appartengono a nessuna struttura) invisibile. Impostando soglie adeguate, si può spogliare strati aventi valori di intensità ragionevolmente uniformi e unici ed evidenziare (o rendere invisibili) strutture interne. Si noti che è anche possibile utilizzare ImageAdjustThresold per impostare i limiti di trasparenza. Talvolta, la posizione delle strutture rispetto ad altre strutture in un volume non è chiaro. Il parametro Opacità permette la visualizzazione delle combinazioni delle proiezione punto più vicino con uno degli altri due metodi, spesso dando all'osservatore la possibilità di visualizzare strutture interne attraverso superfici esterne traslucide. Per attivare questa funzione, impostare l'opacità su un valore maggiore di zero e selezionare valore medio o la proiezione Brightest Point. spunti profondità può contribuire alla qualità tridimensionale di immagini di proiezione dando prospettiva strutture proiettate. I parametri di profondità-cueing determinare se i punti proiettati originarie vicino allo spettatore appaiono più luminosi, mentre i punti più distanti sono oscurate in modo lineare con la distanza. Il trade-off per questo maggiore realismo è che i punti di dati mostrati in un'immagine profondità cued possiedono più valori densitometrici precisi. Due tipi di profondità cueing sono disponibili: Surface profondità Cueing e Interni profondità Cueing. Superficie profondità Cueing funziona solo su proiezioni a punto più vicino e la componente-punto più vicino di altre proiezioni con l'opacità acceso. Interni profondità Cueing funziona solo su proiezioni brillanti punti. Per entrambi i tipi, profondità cueing viene spento quando è impostato a zero (vale a dire 100 di intensità nella parte posteriore a 100 di intensità di fronte) ed è accesa quando impostato a 0ltn 100 (vale a dire (100-n) di intensità di nuovo a 100 intensità di fronte). Avendo profondità cueing indipendente per superficie (più vicino-punto) e interni (più luminoso-punto) consente maggiori possibilità di visualizzazione. Controllare Interpola per generare una temporanea pila z-regolata che viene utilizzato per generare le proiezioni. Z-scala elimina le lacune viste in proiezioni di volumi con fetta spaziatura maggiore di 1.0 pixel. Questa opzione equivale a utilizzare il plugin Scala dal pacchetto TransformJ di scalare la pila nel z-dimensione dalla spaziatura fetta (in pixel). Questa casella viene ignorato se la spaziatura fetta è inferiore o uguale a 1,0 pixel. Parcelle la selezione ROI valore medio grigio contro il numero di slice. Richiede una selezione. Anima le pila attiva visualizzando ripetutamente le sue fette (frame) in sequenza. Utilizzare stop animazione. oppure fare clic con il mouse, di fermarsi. Aprire la finestra di dialogo Opzioni animazione per specificare la velocità di animazione. Più di una pila può essere animata alla volta. Come scorciatoia, premere il tasto barra rovesciata () per avviare o arrestare l'animazione. In ImageJ 1.38 e successivamente, premere Alt più backslash per aprire la finestra di dialogo Opzioni animazione. Termina l'animazione dello stack attivo. Come scorciatoia, premere il tasto backslash. Utilizzare questa finestra di dialogo per impostare la velocità dell'animazione in fotogrammi al secondo, impostare il primo fotogramma e l'ultimo frame (1.38 o successiva) o per abilitare l'animazione oscillante (Ripeti avanti e indietro). In ImageJ 1.38 o versione successiva, è possibile premere Alt più backslash (ALT) per visualizzare la finestra di dialogo. middot guiimagestacks. txt Ultima modifica: 20.100.126 11:07 (modifica esterna) Parere: Che la rottura della media mobile a 200 giorni per le azioni realmente significa Chapel Hill, NC (MarketWatch) La rottura della media mobile a 200 giorni significa che i mercati azionari principali tendenza ha ufficialmente rifiutato. La sua urgente che troviamo fuori, dal momento che il Dow Jones Industrial Average DJIA, -0.38 chiuso la scorsa settimana al di sotto di questo livello tecnico cruciale, e la SampP 500 SPX, -0.27 lo ha fatto ieri. In effetti, alcuni analisti tecnici considerano la rottura al di sotto della media mobile a 200 giorni per essere la fine ufficiale di un mercato toro. Così, almeno secondo questa definizione, sono ora in un mercato orso. (La definizione usuale è di 20 o più declino.) La situazione non può essere che dire, però. Mentre i sistemi di mercato di temporizzazione basati sulla media mobile a 200 giorni avevano record impressionante nella prima parte del secolo scorso, sono diventati decisamente meno successo negli ultimi decenni, al punto che alcuni sono apertamente speculando che non funzionano più. Infatti, dal 1990 il mercato azionario ha effettivamente eseguito meglio di segnali medi seguente vendita dalla media mobile a 200 giorni. Questo è ben illustrato nella tabella allegata. Vendere segnali erano quei giorni in cui il SampP 500 sceso al di sotto della sua media mobile a 200 giorni dopo il giorno precedente al di sopra di esso ci sono stati 85 tali eventi dall'inizio del 1990. I rendimenti nella tabella riflettono il ritorno del dividendo rettificato del intero mercato azionario (come giudicato da indici come il Wilshire 5000 W5000, -0.31). Prossime quattro settimane per essere sicuri, comunicazione da parte del tavolo che al orizzonte di 12 mesi, il mercato azionario effettuato leggermente al di sotto dei segnali medi seguente vendita dalla media mobile a 200 giorni. Ma, data la variabilità dei dati, questa differenza di rendimento risulta non essere significativo al livello del 95 fiducia che gli statistici si basano spesso su a concludere che un modello è autentico. Tra l'altro, la differenza di 26 settimane (sei mesi) restituisce inoltre, non è significativo. Ma i risultati quattro e 13 settimane sono piuttosto significative. Basta considerare l'ultima volta il SampP 500 è sceso sotto i suoi 200 giorni di media mobile, che è stato nel novembre 2012, subito dopo che i mesi elezioni presidenziali. Il mercato azionario quasi subito ripreso la sua potente rally, ed il Wilshire 5000 era superiore al 3 superiore in un mese di tempo, 12 superiore nel prossimo trimestre e 32 più elevato nel corso dell'anno successivo. Un risultato quasi identico è stato il risultato del tempo precedente la SampP 500 scivolato al di sotto della sua media mobile a 200 giorni, nel giugno 2012. Naturalmente, il hasnt mercato sempre eseguita in modo impressionante sulla scia di un segnale di vendita dal mobile a 200 giorni media, ma negli ultimi decenni questo è stato più la regola piuttosto che l'eccezione. A dire il vero, i risultati pre-1990 dipingono una storia diversa. Quindi, al fine di determinare la risposta ai mercati attuali violazione della media mobile a 200 giorni, è necessario decidere se l'ultimo paio di decenni, sono solo un'aberrazione o, invece, se una cosa più o meno permanente è cambiato che rende il movimento media meno efficace. Una paglia importante nel vento in questo senso è una ricerca condotta da Blake LeBaron, una finanza professore Brandeis University. Egli ha rilevato che le medie mobili di varie lunghezze smesso di funzionare nei primi anni 1990, non solo nel mercato azionario, ma anche sui mercati dei cambi. Dal momento che questi due mercati non sono collegati in alcun modo evidente, che altrimenti spiegare perché le medie mobili non riuscirebbe simultaneamente in entrambi. ricerca LeBarons fornisce il supporto per coloro che credono che le medie mobili efficacia sbiadimento è molto più di un colpo di fortuna. Cosa potrebbe aver causato che ciò accada LeBaron ipotizza che potrebbe essere la confluenza di diversi fattori. Un grande, mi ha detto, potrebbe essere l'avvento del trading on line a basso costo, in particolare la creazione degli Exchange Traded Funds tutti che ha reso molto più facile per il commercio dentro e fuori di titoli in base alla media mobile. Un altro fattore, ha detto, potrebbe essere il movimento popolarità medie. Mentre sempre più investitori iniziano a seguire un sistema il suo potenziale per battere il mercato comincia a evaporare. In ogni caso, vale la pena sottolineare che i risultati presentati qui dont necessariamente significa che non erano in un mercato orso. Quello che significano: se erano ormai in un mercato orso, sarà per altri motivi oltre alla violazione della media mobile a 200 giorni. Copyright copy2017 MarketWatch, Inc. Tutti i diritti riservati. I dati intraday forniti da SIX Informazioni finanziarie e soggetti a termini di utilizzo. I dati storici e attuali di fine giornata forniti da SIX Financial Information. dati intraday in ritardo per i requisiti di scambio. SampPDow Jones Indici (SM) dal Dow Jones amp Company, Inc. Tutte le citazioni sono in tempo di scambio locale. in tempo reale i dati di vendita dell'ultimo forniti dal NASDAQ. Maggiori informazioni su NASDAQ scambiati i simboli e la loro situazione finanziaria corrente. dati intraday in ritardo di 15 minuti per NASDAQ, e 20 minuti per altri scambi. SampPDow Jones Indici (SM) dal Dow Jones amp Company, Inc. SEHK dati intraday è fornito da SIX Financial Information ed è di almeno 60 minuti in ritardo. Tutte le citazioni sono in tempo di scambio locale. Nessun risultato foundGrayscale media mobile In risposta a questo post di Todd Johnson-4 Nella descrizione dice che vuole andare oltre un cerchio alla volta. Il filtro di convoluzione in ImageJ si muoverebbe un pixel alla volta wouldnt credo che questo wouldnt lavorare bene, dal momento che l'unico pixel valori si vorrebbe sarebbero quelli in cui il kernel in realtà si allinea con i cerchi. Im non sicuro di quello che i valori che si sta cercando di ottenere. Volete una media per ogni quotrowquot orizzontale, in cui ogni riga è costituito da due file di cerchi O vuoi un numero per il primo gruppo di cerchi 2x2, un altro numero per il secondo, ecc In entrambi i casi, penso che ci sia un analizzatore di particelle che può trovare e misurare il valore di scala di grigi media di ogni cerchio e metterli nei risultati. Allora sarebbe semplice da mettere in un foglio elettronico e ottenere ciò che tu sei numeri cercando. Si potrebbe anche scrivere una speciale funzione di convoluzione in cui ogni passo è stata la dimensione della distanza tra i cerchi, ma questo funziona solo se si conosce di prima mano con precisione dove i cerchi sono in ogni immagine, e penso che l'analizzatore di particelle sarebbe più facile comunque. Su 102.606, H. Gluender email lthidden GT ha scritto: GTI gt Sono nuovo di ImageJ. Ho un'immagine di numerosi circoli in scala di grigi vicino gt gttogether su uno sfondo nero. Id come media la scala di grigi su GT ​​gta matrice 2x2 cerchio (area rettangolare più di fondo). Poi passare alla gt gtside un cerchio e ripetere, ottenendo una media mobile dei valori medi gt gtgrayscale lungo l'asse orizzontale. Poi scendere di un cerchio GT gtand ottenere un altro set di dati asse orizzontale, ecc Infine, Id piace gt valori in scala di grigio gtobtain lungo l'asse verticale nello stesso metodo. gt gtWhat è il più facile gtThanks modo gt gt gt, Todd Johnson gt gt gt gt Caro Todd Johnson, gt gt se ho capito bene, si vuole fare quello che viene chiamato il filtraggio passa basso GT di un'immagine convolvendo con il kernel descritto. gt gt Per farlo, basta definire il kernel in quotProcess gt Filtri gt gt Convolve. quot e fare clic su OK. L'immagine risultante è costituito quindi delle medie GT esecuzione che stai cercando. gt gt gt HTH - gt gt gt gt gt Herbie ------------------------ gt gt ltgluender. de luminosità gt gtimage Intensità trattamento è la percezione visiva di luce riflessa. Aumento della luminosità si riferisce a un aumento delle immagini luminanza. Il contrasto è la separazione delle parti più chiare e più scure di un'immagine. Un aumento di contrasto si scurisce le ombre e alleggerire luci. Aumentando il contrasto viene generalmente usato per fare oggetti in un'immagine più distinguibili. Regolare la luminosità e il contrasto con Regolazione immagine BrightnessContrast. per rendere visualizzazione dell'immagine facile. Premere il pulsante Auto per applicare un tratto intelligente del contrasto alla visualizzazione dell'immagine. Luminosità e contrasto viene regolato tenendo conto della immagini istogramma. Se premuto ripetutamente il pulsante aumenta la percentuale di pixel saturi. Il pulsante Reset rende la massima 0 e il minimo 255 in immagini a 8 bit e il massimo e minimo pari ai valori dei pixel più piccoli e più grandi nelle immagini istogramma di immagini a 16 bit. Se il pulsante Auto non produce un risultato desiderabile, utilizzare lo strumento regione-di-interesse (ROI) per selezionare parte della cellula e un po 'di fondo, poi ha colpito di nuovo il pulsante Auto. Il tratto sarà quindi basata sulle intensità della ROI. Premendo il pulsante Applica le modifiche in modo permanente i valori effettivi di grigio dell'immagine. Se solo analizzando l'intensità dell'immagine non premere questo pulsante. Se si preferisce l'immagine da visualizzare come il nero su bianco piuttosto che nero su bianco, quindi utilizzare il comando invertita: Tabelle Immagine Lookup Inverti LUT. Il comando Modifica Inverti inverte il pixel stessi valori in modo permanente. Ottenere valori di intensità da sola ROI Se si lavora con una pila, il ROI selezionata può essere analizzato con il comando: Immagine Pile Plot Z Axis profilo. Questo genera una singola colonna di numeri - una intensità fetta per riga. Le prime 6 righe della colonna sono dettagli del ROI. Questo assicura lo stesso ROI non viene analizzato due volte e consente di salvare qualsiasi interessante ROI. I dettagli sono composti da zona, coordinata x, y coordinata, AR, rotondità, e la solidità del ROI. Se la ROI è una ROI polylinegtfreehand piuttosto che un squaregtoval, agisce come se il ROI è un ovalgtsquare. L'(ovale) ROI può essere ripristinato inserendo i dettagli spinto dalla selezione Edit ripristino di selezione (tasto di scelta rapida: Ctrl-Shift-E) di comando. I risultati vengono visualizzati in una trama-finestra con i dettagli ROI nel titolo della finestra trama. La trama contiene l'elenco pulsanti, salvare, copiare. Il pulsante Copia mette i dati negli appunti in modo che possa essere incollato in un foglio di Excel. Le impostazioni per il pulsante di copia si trovano sotto Modifica Opzioni Opzioni profilo di stampa. Impostazioni consigliate sono: non salvare valori x (impedisce la fetta di dati numerici di essere incollati in Excel) e Autoclose in modo che non dovete chiudere la trama analizzato ogni volta. intensità dinamica vs analisi Tempo Il plugin Plot asse Z Profilo (questa è la Z Profiler da Kevin (Gali) Baler (gliblr a yahoo) e Wayne Rasband semplicemente rinominato) controllerà l'intensità di un ROI in movimento utilizzando uno strumento di monitoraggio di particelle. Questo strumento può essere manuale o automatica. Utilizzare le Immagini Plot asse Z comando Profilo stack. Come valori di intensità da più ROI è possibile analizzare più ROI in una volta con Bob Doughertys Multi plug Misura. La funzione nativa ROI direttore fa un lavoro simile, tranne l'incaricato di tirare generare i risultati in colonne ordinate. Controllate il sito Bobs per gli aggiornamenti. Il plugin Misura Multi che viene fornito con l'installazione è v3.2. Aperto confocale-serie e rimuovere lo sfondo (Vedere Correzione del fondo) Genera una pila di riferimento per l'aggiunta di ROI. Utilizzare la funzione Z-progetto Stacks Image e selezionare la media. Rinominare questa immagine qualcosa di memorabile. Aprire il plugin ROI Manager (Analyze Strumenti Roi Manager o l'icona della barra degli strumenti). Selezionare ROI e Aggiungere al gestore ROI. Fare clic sul pulsante Mostra tutto per evitare l'analisi della stessa cella due volte. Dopo aver selezionato le ROI da analizzare nell'immagine di riferimento, è possibile disegnare l'immagine di riferimento facendo clic sul pulsante Moregtgt e selezionando Draw. Salvare l'immagine di riferimento per la cartella esperimenti di dati e quindi fare clic sulla pila da analizzare. Fare clic sul pulsante Moregtgt nel gestore ROI e selezionare il pulsante Multi Misura per misurare tutto il ROI. Fare clic su OK. Questo metterà i valori da ogni fetta in una singola riga con più colonne per fetta. Cliccando su Misura tutti i 50 fette metterà tutti i valori di tutte le sezioni e ciascuna ROI in una singola colonna. Passare alla finestra Risultati e selezionare la voce di menu Modifica Seleziona tutto. . Poi EditCopy. Vai a Excel e incollare i dati. Controllare che tutto è stato incollato correttamente 10. Per copiare le coordinate ROI nel foglio di calcolo di Excel, ci deve essere una riga vuota sopra i dati di intensità. Utilizzare la finestra di Multi Misurare e fare clic sul pulsante Copia elenco. 14. In Excel, fare clic sulla cella vuota sopra la prima colonna di dati e incollare le coordinate ROI. Salvare le ROI con il pulsante Multi Measure Salva. Metteteli nella cartella dei dati sperimentali. Il ROI può essere aperto in seguito individualmente con il pulsante Apri o tutti in una volta con il pulsante Apri tutto. Ovali e rettangolari ROI possono essere ripristinati singolarmente da x, y, l, valori h con il ROI Plugin Specificare ROI. comando. l'imaging Raziometrico confronta le registrazioni di due segnali diversi per vedere se ci sono delle somiglianze tra loro. È fatto dividendo un canale da un altro canale per produrre un terzo canale raziometrico. Questa tecnica è utile perché corregge perdite dye, disuguale dye carico e fotometabolismo. Un esempio di applicazione potrebbe essere la misura di ioni, pH, e le dinamiche di tensione intracellulari in tempo reale. Sfondo sottrazione è necessario prima analisi di immagini di rapporto a doppio canale. Vedi anche la sezione correzione del fondo. Il plugin RatioProfiler eseguirà l'analisi raziometrica di un singolo ROI su una pila interlacciato a doppio canale. The Odd-fette sono canale 1 immagini e le fette sono anche canale 2 immagini. Se i due canali sono aperti come pile separate, quali Zeiss, i due canali possono essere interlacciati (mescolati insieme alternando tra loro) con il comando di menu Plugins Stacks - Mischiare le carte Stack Interleaver. Il plugin genererà un verde-plot dei valori di rapporto. Ch1Ch2 è l'impostazione predefinita e si può ottenere Ch2Ch1 se il plugin viene eseguito con il tasto Alt. Sarà anche generare un secondo diagramma delle intensità dei singoli canali, CH1 e CH2, nonché una tabella dei risultati. La prima riga della tabella dei risultati contiene valori per x, y, la larghezza e l'altezza della ROI. Dalla seconda fila verso il basso, la prima colonna è il tempo (numero slice), la seconda colonna è la Ch1 intensità media, e il terzo canale è il Ch2 intensità media e il valore del rapporto. Lo stack deve avere il suo intervallo di trama tarato in modo che il valore Tempo di essere in secondi. In caso contrario, si tratta di fette. L'intervallo di telaio può essere impostato per lo stack tramite il menu delle proprietà comando Immagine. Questa tabella può essere copiato negli appunti e incollato altrove con la Edit Copia tutto comando di menu. Analisi rapporto utilizzando direttore ROI 1.Subtract lo sfondo dall'immagine. 2. Aprire ROI manager (Analisi Strumenti direttore ROI.) E fare clic sul pulsante Mostra tutto. 3. Selezionare le celle da analizzare e aggiungerli al gestore ROI (tasto o il tasto T della tastiera Aggiungi). 4. Eseguire il plugin. La finestra del risultato contiene la media di CH1 e CH2 e il loro rapporto. Ogni riga è un timepoint (slice). La prima riga contiene i dettagli ROI. Per generare un'immagine di riferimento: Appiattire lo stack con il comando di menu (Immagine Stacks Z-progetto con il tipo di proiezione: Massimo), regolare la luminosità e il contrasto, se necessario. Selezionare la nuova immagine e fare clic sul pulsante Altro nel gestore ROI. Dopo di che selezionare Etichetta. Ottenere dati timestamp La LSM Toolbox è un progetto che mira all'integrazione di funzioni utili comuni di tutto il formato di file Zeiss LSM, che dovrebbe migliorare la fruibilità dei file LSM confocale conservati nel loro formato nativo, preservando in tal modo tutti i metadati disponibili. Nelle Figi, i comandi corrispondenti sono: File Importa Visualizza LSMToolbox che visualizza la casella degli strumenti, da cui tutti i comandi possono essere richiamati e aiuto su plugin LSMToolbox. che visualizza informazioni sul plugin. Questa lettura può essere trovata utilizzando il comando di menu Immagine Informazioni. . Scorrere verso il basso per ottenere il tempo ogni fetta è stata acquisita. Selezionare questa volta, copiarlo in Excel, e trovare il numero di tempo ottenuto utilizzando il comando di menu di Excel Modifica Sostituisci. Questo lascerà solo i dati temporali. Il tempo trascorso può quindi essere calcolato sottraendo la riga 1 da tutte le righe successive. Linescanning comporta l'acquisizione di una singola linea, un pixel in larghezza, da un microscopio confocale comune invece di immagine 2D standard. Questo è di solito un modo più veloce per prendere un'immagine. Tutte le singole immagini a livello di pixel sono poi impilati per ricreare l'immagine 2D. Una generazione pseudo-linescan di un'immagine 3-D (x, y, t). È utile per la visualizzazione di dati 3-D in 2 dimensioni. Una linea di interesse viene disegnata seguita dal comando: Immagine Pile reslice o con il tasto della tastiera. Ti verrà chiesto per la larghezza della linea che si desidera essere mediati. Esso genera una pila pseudo-linescan con ogni fetta rappresenta la pseudo-linescan di un'ampia linea di un solo pixel lungo la linea di interesse. Media lo stack pseudo-LineScan selezionando Immagine Stacks Z-Project. e utilizzare il comando media. Un poli-linea può essere utilizzato, ma questo genererà una sola fetta pixel. impostazioni predefinite Fijis per scontato che le pile sono z - serie piuttosto che t - serie. Ciò significa che molte funzioni relative alla terza dimensione di una pila di immagini sono indicati con z. Basta tenere questo in mente. FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) Analisi Il profilatore plug FRAP analizzare l'intensità di una ROI sbiancato nel tempo e normalizzare contro l'intensità della cellula intera. Dopo che troverà l'intensità minima nella ROI sbiancato e montare il recupero con questo punto in mente. Aprire il manager ROI. Disegnare intorno al ROI sbiancato e aggiungerlo al gestore ROI. Disegnare attorno tutta la cella e aggiungere che al gestore ROI. La normalizzazione corregge per la sbianca che si verifica durante l'acquisizione dell'immagine e assume l'intera cella è nel campo di vista. Il plugin assume il maggiore dei due ROI nel gestore ROI è tutta ROI cellulare e che il ROI più piccola è la parte sbiancato. Eseguire il plugin FRAP profiler. Il plugin restituirà l'intensità grafico reale, l'intensità normalizzata grafico reale della zona sbiancato, e l'adattamento della curva. Non lineare contrasto si estende equalizzazione È possibile avere un maggiore controllo sulla regolazione di luminosità e contrasto con il processo di comando di menu contrasto Migliora. Con uno stack, analizza l'ciascuna fette istogramma per effettuare la regolazione. Il comando equalizza contrasto applica un tratto non lineare dell'istogramma basato sulla radice quadrata della sua intensità. Gamma esegue una regolazione istogramma non lineare. oggetti deboli diventano più intensi, mentre oggetti luminosi non lo fanno (LT1 gamma). Inoltre, di media intensità oggetti diventano più debole mentre gli oggetti luminosi non (gamma GT 1). L'intensità di ciascun pixel viene elevato alla potenza del valore gamma e quindi scalata a 8 bit o minimo e massimo di immagini a 16 bit. Per 8 immagini bit nuova intensità 255 (vecchio intensity255) Gamma Gamma può essere regolata tramite il comando Process Math Gamma. Essa vi permetterà di regolare la gamma con la barra di scorrimento. Fare clic su Ok quando si è finito. È possibile utilizzare la barra di scorrimento per determinare il valore di gamma desiderato su una fetta del tuo stack. C'è anche la possibilità di visualizzare in anteprima i risultati. Vedere il riferimento on-line per una spiegazione dei filtri digitali e come funzionano. I filtri possono essere trovati utilizzando il menu Filtri di comando di processo. . Media filtro. il pixel viene sostituito con la media di sé e suoi vicini all'interno del raggio specificato. La voce di menu Processo Smooth è un filtro media 33. filtro gaussiano. Questo è simile a un filtro di livellamento ma invece sostituisce il valore del pixel con un valore proporzionale a una distribuzione normale dei suoi vicini. filtro mediano. Il valore di pixel viene sostituito con la mediana di se stesso e dei suoi vicini adiacenti. Questo rimuove il rumore e preserva i confini meglio di semplice filtrazione media. Il rumore voce di menu Processo Smacchia è un filtro mediano 33. Filtro convolve: Questo permette a due array di numeri per essere moltiplicati insieme. Le matrici possono essere di dimensioni diverse, ma devono essere della stessa dimensione. In analisi dell'immagine questo processo viene generalmente utilizzato per produrre un'immagine di output in cui i valori dei pixel sono combinazioni lineari di certi valori di ingresso. Minimo: Questo filtro, noto anche come filtro erosione, è un filtro morfologica che considera la zona attorno a ciascun pixel e, da questo elenco di vicini, determina il valore minimo. Ogni pixel dell'immagine viene poi sostituito con il valore risultante generato da ogni zona. Massima: Questo filtro, noto anche come un filtro dilatazione, è un filtro morfologica che considera la zona attorno a ciascun pixel e, da questo elenco di vicini, determina il valore massimo. Ogni pixel dell'immagine viene poi sostituito con il valore risultante generato da ogni zona. filtro di Kalman. Questo filtro, noto anche come Linear Quadratic stima, opera ricorsivamente su ingressi rumorosi per calcolare una stima statisticamente ottimale dello stato del sistema sottostante. correzione del fondo può essere fatto in diversi modi. Un metodo semplice è quello di utilizzare le tabelle immagine Lookup HiLo LUT per visualizzare valori zero come valori blu e bianco (valore di pixel 255) come rosso. Con un background che è relativamente anche attraverso l'immagine, rimuoverlo con il comando BrightnessContrast aumentando lentamente il valore minimo fino a quando la maggior parte dello sfondo blu viene visualizzato. Premere il pulsante Applica per apportare una modifica permanente. Rolling-Ball correzione del fondo per fissare un fondo irregolare utilizzare il comando di menu Processo Sottrai sfondo. Questo userà un algoritmo palla che rotola su sfondo uniforme. Il raggio deve essere impostato almeno alla dimensione dell'oggetto più grande che non fa parte dello sfondo. Può anche essere usato per rimuovere sfondo da gel in cui lo sfondo è bianco. L'esecuzione più volte di comando può produrre risultati migliori. L'utente può scegliere se avere o meno uno sfondo chiaro, creare uno sfondo senza sottrazione, hanno un paraboloide scorrevole, disabilitare levigatura, o visualizzare in anteprima i risultati. Il valore di default per il raggio della sfera rotolante è di 50 pixel. Processo Sottrai Sfondo.